Здравей,
Ако те разбирам правилно, подобен подход трябва да ти свърши работа(вместо снимката съм сложил друг <div>):
Colored footer - JSFiddle
Идеята е, да не ползваш фиксиран елемент, ами блоков елемент, който обхваща цялата дължина на контейнера.
Ако снимката ти няма clear/не се показва...